Klub został założony w 1900 przez jedenastu piłkarzy pod przewodnictwem Franza Johna[7]. Pomimo iż Bayern zdobył swoje pierwsze Mistrzostwo w 1932 roku[8], klub nie został wybrany do powstałej w 1963 nowej Bundesligi[9](w jego miejsce wszedł TSV 1860 Monachium). Czasy największych sukcesów przypadły na połowę lat 70., gdy zespół z Franzem Beckenbauerem jako kapitanem oraz Karlem-Heinzem Rummenigge i Seppem Meierem trzy razy z rzędu wygrywał Puchar Europy (1974–76).

Od początku sezonu 2005/06 Bayern rozgrywa mecze w roli gospodarza na stadionie Allianz Arena. Wcześniej przez 33 lata zespół występował na Stadionie Olimpijskim. Barwami klubu są czerwień i biel, zaś na herbie znajdują się też barwy Bawarii[10].

Bayern obecnie zrzesza 290 000 członków[11]. Istnieje również 4000 zarejestrowanych fanklubów zrzeszających około 314 000 fanów[11]. Klub posiada sekcje zajmujące się szachami, piłką ręczną, koszykówką, gimnastyką, kręglami, tenisem stołowym, sędziowaniem sportowym oraz seniorską piłką nożną i zrzeszają one w sumie 1100 zawodników[12].